Analiza enzymów przeprowadzających modyfikację potranskrypcyjną RNA

(Laboratorium Bioinformatyki i Inżynierii Białka MIBMiK - zespół prof. Janusza M. Bujnickiego)

Laboratorium prowadzi badania nad enzymami zaangażowanymi w procesowanie RNA i potranskrypcyjną modyfikację RNA.
Prace obejmują eksperymentalną weryfikację teoretycznych przewidywań dotyczących niescharakteryzowanych metylotransferaz RNA bakterii Escherichia coli K12 oraz wybranych metylotransferaz ludzkich.

Pozostałe badania enzymów modyfikujących RNA koncentrują się na dwóch zagadnieniach:

1. Rozwój bazy danych MODOMICS (http://modomics.genesilico.pl/), zbierającej i porządkującej dane dotyczące szlaków metabolicznych związanych z wprowadzaniem modyfikacji do RNA, reakcji modyfikacji i odpowiedzialnych za nie enzymów oraz lokalizacji zmodyfikowanych nukleozydów w sekwencjach RNA. Baza danych MODOMICS jest najważniejszym źródłem tego typu informacji na świecie i używana jest powszechnie jako najważniejszy punkt referencji przez badaczy zajmujących się modyfikacjami RNA (wg ISI 51 cytowań od publikacji w roku 2006)

2. Analiza białek odpowiadających za bakteryjną oporność na antybiotyki z grupy aminoglikozydów. We współpracy z grupą Profesora Sivaramana z National University of Singapore oraz dr Gordaną Maravić Vlahoviček z University of Zagreb prowadzimy analizy dwóch enzymów odpowiedzialnych za bakteryjną opornośc na aminoglikozydy. Sgm z Micromonospora zionensis to metylotransferaza która modyfikuje guanozynę 1405 w 16S rRNA, NpmA to enzym z patogennego szczepu Escherichia coli, który modyfikuje adenozynę 1408. Planowane jest stworzenie modelu interakcji enzymu NpmA z regionem 16S rRNA, w którym znajduje się modyfikowana adenozyna oraz z małą podjednostką rybosomu. Analiza ta ma na celu określenie reszt aminowasowych niezbędnych do właściwego związania RNA przez białko NpmA oraz najbardziej prawdopodobnego mechanizmu reakcji, co z kolei może umożliwić stworzenie w przyszłości inhibitorów bakteryjnego enzymu (potencjalnych leków umożliwiających przełamanie bariery antybiotykooporności).