Badania krystalograficzne metylaz eukariotycznych

(Laboratorium Biologii Strukturalnej MPG/PAN -zespół prof. Matthiasa Bochtlera *)

Projekt ma na celu opracowanie enzymatycznej metody analizy metylacji eukariotycznego DNA o rozdzielczości pojedynczych zasad. W przypadku ssaków metylacja DNA dotyczy niemal wyłącznie sekwencji CG i jest symetryczna za wyjątkiem widełek replikacyjnych, gdzie metylacja nowopowstałej nici jest odtwarzana przez metylotransferazę Dnmt1 na podstawie nici macierzystej.

Ze względu na symetrię metylacji DNA ssaków oraz na jej występowanie jedynie w kontekście reszt CG, możliwe byłoby zastosowanie do odczytu tej informacji endonukleazy restrykcyjnej swoistej wobec niemetylowanych sekwencji CG. Produkty działania takiego enzymu mogłyby być analizowane przy pomocy standardowych metod sekwencjonowania, w szczególności techniki z użyciem odwracalnych znaczników. Pozwoliłoby to na uwzględniające metylację sekwencjonowanie dużych fragmentów DNA, a potencjalnie całych genomów, z dokładnością do pojedynczych zasad. Dlatego też celem projektu jest znalezienie lub uzyskanie na drodze mutagenezy endonukleazy restrykcyjnej swoistej wobec sekwencji CG i wrażliwej na metylację.

*Laboratorium Biologii Strukturalnej MPG/PAN  pod kierownictwem prof. Matthiasa Bochtlera jest
pierwszą w Polsce jednostką badawczą (jedna z niewielu na świecie poza granicami Niemiec), finansowana przez Towarzystwo Maxa Plancka, ściśle współpracującą z Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics w Dreźnie